По состоянию на октябрь 2025 года университет заключил 129 соглашений с 95 российскими организациями, из которых 83 — научно-образовательные учреждения.

Сотрудничество охватывает широкий спектр направлений  от естественных и технических наук до гуманитарных и социально-экономических исследований. Основная часть соглашений направлена на реализацию совместных проектов, академическую мобильность студентов и преподавателей, а также обмен опытом и технологиями.

Особое место в партнёрской сети РАУ занимает Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого (СПбПУ) — стратегический партнёр университета. Совместно реализуются образовательные и исследовательские программы, отражённые в Дорожной карте на 2024–2025 годы. В числе ключевых направлений сотрудничества — физика полупроводников, нанотехнологии, квантовая биохимия, экономика ЕАЭС и правоведение. В 2024 году в Ереване также было открыто молодёжное пространство «Точка кипения», ставшее площадкой для взаимодействия студентов, экспертов и партнёров.

РАУ тесно взаимодействует с рядом ведущих вузов России, включая МГУ имени М.В. Ломоносова, РУДН, НИУ ВШЭ, МГИМО, МГЮА имени О.Е. Кутафина, Финансовый университет при Правительстве РФ, МФТИ, СПбГУ, УрФУ и Южный федеральный университет. Кроме того, университет активно сотрудничает с институтами Российской академии наук — Институтом системного программирования им. В.П. Иванникова, Институтом философии, Институтом экономики, Физико-техническим институтом им. А.Ф. Иоффе и другими. С Институтом  системного программирования им. В.П. Иванникова в РАУ функционирует совместная лаборатория CAST.  

С ведущими  российскими научными центрами и вузами-партнёрами РАУ реализуются совместные научные грантовые проекты, в том числе, финансируемые Комитетом по высшему образованию и науке МОНКС РА. Университет и его партнёры проводят международные научные конференции, симпозиумы и круглые столы, а также активно осуществляют публикации совместных научных статей в высокорейтинговых журналах, индексируемых в международных базах данных. Совместно с Государственным институтом русского языка имени А.С. Пушкина заключены соглашения о создании научно-исследовательской лаборатории, а с МГИМО реализуется магистерская программа «Contemporary Diplomacy and International Affairs». Также действуют сетевые программы с НИУ ВШЭ и СПбПУ. 

В рамках академической мобильности университет ежегодно принимает до 15 студентов из российских вузов и направляет до 10 своих студентов на обучение в партнёрские учреждения. Научное взаимодействие активно развивается и в рамках диссертационных советов: с 2022 года функционирует совет по физике полупроводников с участием специалистов СПбПУ, а также с 2013 года совет по экономическим наукам с привлечением ведущих научных экспертов из СПбПУ, Института экономики РАН, Финансового университетом при Правительстве РФ, Института народнохозяйственного прогнозирования РАН, Центрального экономико-математического института РАН , по юридическим наукам, совместно с привлечением ведущих ученых из Юридической академии им. Кутафина и Российско-правовой Академии.

Отметим, что РАУ продолжает укреплять связи с российскими вузами и научными центрами, создавая условия для развития исследований, обмена знаниями и реализации инновационных проектов, направленных на интеграцию образовательных пространств Армении и России.